बुआई के 35 से 40 दिनों बाद मिर्च की पौध रोपाई के लिए तैयार हो जाती है। रोपाई का उपयुक्त समय मध्य जून से मध्य जुलाई तक रहता है।
रोपाई के पूर्व नर्सरी में हल्की सिंचाई कर देनी चाहिए, ऐसा करने से पौध की जड़ नहीं टूटती, वृद्धि अच्छी होती है और पौध आसानी से लग जाती है। इसके अलावा पौध को जमीन से निकालने के बाद सीधे धूप मे नहीं रखना चाहिये।
नर्सरी से मिर्च की पौध को उखाड़ कर खेत में लगाने से पहले पौध का उपचार करना अतिआवश्यक होता है।
पौध के जड़ों के अच्छे विकास के लिए 5 ग्राम माइकोरायज़ा प्रति लीटर की दर से एक लीटर पानी में घोल बना लें। इसके बाद मिर्च के पौध की जड़ों को इस घोल में 10 मिनट तक के लिए डुबो के रखें। यह प्रक्रिया अपनाने के बाद ही खेत में पौध रोपण करें।
रोपाई के तुरंत बाद खेत में हल्का पानी देना चाहिए। मिर्च के पौध की रोपाई के लिए लाइन से लाइन की दूरी 60 सेमी और पौधे से पौधे की दूरी 45 सेमी रखनी चाहिये।