मिर्च की फसल में बहुत अधिक मात्रा में अलग अलग प्रकार के रस चूसक कीटों एवं इल्लियों जैसे की तम्बाकू की इल्ली, एफिड, जैसिड, मकड़ी, चने की इल्ली आदि का प्रकोप होता है।
इन कीटों के साथ-साथ कुछ कवक जनित बीमारियाँ भी मिर्च की फसल को बहुत अधिक प्रभावित करती हैं जैसे जीवाणु धब्बा रोग, जड़ गलन, तना गलन, अल्टेरनेरिया पत्ती धब्बा रोग आदि .
इल्लियों के प्रबंधन हेतु इमामेक्टिन बेंजोएट 5% SG @ 100 ग्राम/एकड़ या फ्लूबेण्डामाइड 20% WG @ 100 ग्राम/एकड़ या क्लोरानट्रानिलीप्रोल 18.5% SC@ 60 मिली/एकड़ का उपयोग करें।
रस चूसक कीट के प्रबंधन हेतु डायफैनथीयुरॉन 50% WP @ 250 ग्राम/एकड़ या पायरीप्रोक्सीफैन 10% + बॉयफैनथ्रिन 10% EC @ 250 मिली/एकड़ या इमिडाक्लोप्रिड 17.8% SL@ 100मिली/एकड़ का उपयोग करें।
मकड़ी के प्रबंधन हेतु प्रॉपरजाइट 57% EC @ 400 एबामेक्टिन 1.9% EC @ 150 मिली/एकड़ का उपयोग करें।
जैविक उपचार के रूप में बवेरिया बेसियाना 250 ग्राम/एकड़ की दर से छिड़काव करें।
कवक जनित रोगो के लिए थायोफिनेट मिथाइल 70% WP @300 ग्राम/एकड़ या हेक्साकोनाज़ोल 5% SC @ 300 मिली/एकड़ या मैंकोजेब 75% WP@ 500 ग्राम/एकड़ की दर से छिड़काव करें।
जीवाणु जनित रोगों के लिए स्ट्रेप्टोमाइसिन सल्फेट + टेट्रासाइक्लिन हाइड्रोक्लोराइड @ 24 ग्राम/एकड़ या कसुंगामायसीन 3% SL @ 400 मिली/एकड़ की दर से छिड़काव करें।
जैविक उपचार के रूप में सूडोमोनास फ्लोरोसेंस @ 250 ग्राम/एकड़ की दर से छिड़काव करें।