कापूस पिकाच्या सुरुवातीच्या अवस्थेत अनेक प्रकारच्या किडी व बुरशीचा प्रादुर्भाव होण्याची शक्यता असते आणि त्यांच्यावर योग्य वेळी प्रतिबंधात्मक उपाय केले तर त्यावर नियंत्रण ठेवता येते.
बुरशीजन्य रोगांच्या प्रभावी नियंत्रणासाठी, कसुगामाइसिन 5% + कॉपर ऑक्सीक्लोराइड 45% डब्ल्यूपी [कोनिका] 300 ग्रॅम/एकर, थियोफैनेट मिथाइल 70% डब्ल्यूपी [मिल्ड्यू विप] 300 ग्रॅम/एकर कीटाजिन 200 ग्रॅम/एकर या दराने फवारणी करावी. ट्राइकोडर्मा विरिडी [कॉम्बैट] 1 किलो/एकर या दराने शेणखता सोबत मिसळून वापर करावा.